日本のとある地方都市「冬木市」に数十年に一度現れるとされる、持ち主のあらゆる願いを叶える「聖杯」。
7人の魔術師（マスター）は7騎の使い魔（サーヴァント）と契約し、聖杯を巡る抗争「聖杯戦争」に臨む。
聖杯を手にできるのはただ一組、故に彼らは最後の一組となるまで互いに殺し合う。

十年前(1994年)に起きた冬木大災害の生き残りにして、半人前の魔術師として暮らしてきた少年・衛宮士郎は偶然にもサーヴァント戦を目撃したことから、聖杯戦争に巻き込まれ、そのさなかサーヴァントの一人セイバーを召喚する。
亡き養父・衛宮切嗣のような「正義の味方」になりたいと願う士郎は、無関係な一般人の犠牲者を増やさないために聖杯戦争に参加することを決意する。